В эпоху раннего феодального Японии живёт 12-летний Кубо, который заботится о больной матери в горной пещере недалеко от деревни. Он зарабатывает на жизнь, рассказывая истории о своём пропавшем отце Хандзо, легендарном самурае, используя музыку своей магической шамисен и оригами. Кубо никогда не может завершить свой рассказ, так как не знает, что случилось с отцом, а его мать, из-за ухудшающегося состояния, не помнит конец истории. Она предупреждает Кубо не выходить после заката, так как его тётушки и дед, Лунный Король, могут найти и забрать его оставшийся глаз. Однажды Кубо узнаёт о празднике Бон, где можно общаться с умершими родными. Он отправляется на праздник, но разочаровывается, когда отец не появляется. Забыв о предостережениях, Кубо задерживается до заката. Его тётушки быстро находят его и нападают, но мать Кубо успевает защитить сына магией, отправляя его далеко. Кубо просыпается в другом месте и обнаруживает, что его оберег, деревянная обезьяна, оживает. Обезьяна, которую Кубо называет Монки, сообщает, что его мать погибла, а деревня разрушена. С помощью «Маленького Хандзо», оригами-фигурки, они отправляются на поиски доспехов отца.