Зникнення Харухі Судзумії

Кен прокидається в холодне ранок 16 грудня, коли його мати кличе на сніданок. У школі Кен і Коїдзумі обговорюють дивне поведінку Харухі. Харухі зранку надто активна, що викликає тривогу у Коїдзумі. Кен і Коїдзумі йдуть на гору, де Харухі веде себе незвичайно енергійно. Незабаром Кен знаходить записку від Наґато, яка містить загадкове повідомлення про запуск програми. Кен вирішує розібратися в цьому повідомленні і йде до бібліотеки, щоб знайти ключі. Незабаром він розуміє, що світ змінився, і Харухі, Коїдзумі та інші стали іншими. Кен і Наґато вирішують знайти спосіб повернути світ до нормального стану.